Lietuvos karo akademijai suteiktas vieno žymiausių Lietuvos partizanų, ilgamečio visos Lietuvos partizanų vado, Lietuvos laisvės sąjūdžio įkūrėjo Jono Žemaičio vardas.
Jonas Žemaitis – pirmosios kartos vaikas, kuris jau lankė lietuvišką mokyklą, ir gimnaziją, matė kaip išaugo nepriklausomos Lietuvos valstybė. Buvusios Karo mokyklos auklėtinio pastangomis 1949 m. buvo galutinai suvienytas Lietuvos partizaninis judėjimas, o jis pats 1949 m. vasario mėn. išrinktas Lietuvos laisvės kovos sąjūdžio Tarybos prezidiumo pirmininku (pagal 1949 m. vasario 16 d. Lietuvos laisvės kovos sąjūdžio Tarybos deklaraciją atkūrus Lietuvos nepriklausomybę prezidiumo pirmininkas eina Respublikos Prezidento pareigas).
1949 m. Jonui Žemaičiui suteiktas laisvės kovotojų – partizanų generolo laipsnis. Partizaniniam judėjimui slapyvardžiu Vytautas jis vadovavo iki 1953 m. gegužės 30 d., kai dėl išdavystės, įmetus į bunkerį granatą su migdomosiomis dujomis, buvo apsvaigintas ir suimtas. 1954 m. birželio mėn. uždarame teisme J. Žemaitis buvo nuteistas mirties bausme. Sušaudytas lapkričio 26 d. Maskvoje, Butyrkų kalėjime. Jo kūnas sudegintas, o pelenai suberti į bendrą sovietų režimo aukų kapą. Išsipildė Jono Žemaičio žodžiai, pasakyti paskelbus jam mirties nuosprendį:
„Aš, kaip ir kiti mano bendraminčiai, manau, kad Sovietų Sąjunga savo ginkluotomis pajėgomis įsiveržė į mūsų šalį... Šį sovietinės vyriausybės žingsnį laikau neteisėtu. Visus pogrindžio veiksmus, kurio dalyviu aš buvau, nukreiptus prieš sovietinę valdžią, aš laikau teisingais ir nelaikau nusikalstamais. Tik noriu pabrėžti, kad kiek man teko vadovauti Lietuvos kovotojų už laisvę kovai, aš stengiausi, kad ši kova laikytųsi humanizmo principų... Jokių žvėriškumų aš neleidau... Koks bus teismo sprendimas – man žinoma. Aš vis tiek manau, kad kova, kurią aš vedžiau devynerius metus, duos rezultatų.“
LGGRTC Okupacijų ir laisvės kovų muziejaus, Lietuvos ypatingojo archyvo nuotraukos