Akademijoje studijuoja karininkai klausytojai ir klausytojai. Krašto apsaugos sistemos organizavimą reglamentuojančių teisės aktų ir krašto apsaugos ministro nustatyta tvarka Akademijoje gali studijuoti ir kitų valstybių kariai.

antroji universitetinių studijų pakopa – nuosekliosios universitetinės magistrantūros studijos, kurias baigus suteikiamas magistro kvalifikacinis laipsnis,

antroji karinio rengimo pakopa – kapitonų kursai, kuriuos baigus suteikiama kuopos vado ir bataliono štabo karininko kvalifikacija.

Universitetinės studijos vyksta pagal studijų programas, įtrauktas į Studijų ir mokymo programų registrą. Baigusiesiems universitetines studijas išduodami atitinkamos studijų krypties magistro diplomai.

Bazinės karinio rengimo studijos ir kapitonų kursai vyksta pagal kariuomenės vado patvirtintas programas. Baigusiesiems karinio rengimo studijas išduodami nustatyto pavyzdžio, patvirtinto krašto apsaugos ministro, kvalifikacijos pažymėjimai.